A partir de 2003, el Comité se refunda para confrontar las denuncias de los efectos del Plan Colombia en el departamento de Nariño, pues entre los años 2000 y 2004, se agudiza la crisis por el desplaza miento y el asesinato de varios líderes del sector sindical, estudiantil y del magisterio. El Comité no es una organización no gubernamental más, ejecutora de proyectos e investigaciones enmarcadas en la temática de los derechos humanos en la frontera, sino que se caracteriza por aglutinar a actores y organizaciones sociales en respaldo y acompañamiento de procesos relacionados con los derechos humanos.