La falta de coordinación y utilización de sistemas nacionales ha sido uno de los grandes problemas que ha enfrentado la cooperación no reembolsable en el Ecuador. Apenas el 15 por ciento de los fondos de ayuda al desarrollo utilizaron mecanismos de coordinación nacionales. Este problema de coordinación resulta indispensable tratarlo debido a que el país ha sido catalogado como un país de ingresos medios, motivo por el cual se ve afectado en la obtención de nuevos fondos de parte de los principales donantes de la cooperación internacional. Los elementos utilizados en para este análisis son los indicadores del Reporte de la Efectividad de la Ayuda de la OCDE del año 2011, así como el portafolio y lineamientos de la SETECI descritos en la Agenda Nacional de Cooperación de 2013.