Los pueblos indígenas constituyen un colectivo históricamente excluido y en una situación de pobreza y de extrema pobreza, condición que repercute negativamente en el usufructo y disfrute de los derechos, especialmente en lo referido a la educación. En los últimos años, como consecuencia del aumento en la cobertura de la educación escolar indígena también una mayor población de estudiantes accede a la educación, terminan el nivel medio y anhelan llegar hasta la universidad para contar con un título universitario. Sin embargo, mayoritariamente no cuentan con posibilidades de cubrir los gastos que demanda una formación de nivel superior por lo que fue necesario implementar programas de apoyo económico como becas o subsidios. En la presente investigación se pretendió identificar y analizar las dificultades que presentan los jóvenes indígenas que accedieron a la educación superior, como beneficiarios del subsidio proveído por el Instituto Paraguayo del Indígena (INDI) en el periodo comprendido entre el año 2019 y el 2023, para permanecer dentro del sistema y culminar su formación. Para alcanzar este objetivo, se desarrolló una investigación bajo un enfoque mixto con técnicas cualitativas y cuantitativas que permitió recoger la información desde las fuentes primarias comprendidas por los estudiantes y funcionarios de las instituciones de educación superior. El programa de subsidio del INDI se desarrolla desde el año 2019 y los beneficiarios deben acreditar que están matriculados en una carrera del nivel superior. Los hallazgos indican que los estudiantes se encuentran mayoritariamente en los departamentos ubicados en la Región Oriental del Paraguay y pertenecen a los pueblos de la familia lingüística guaraní. El aporte económico otorgado es valorado por los jóvenes, pero, no cubre la totalidad de los gastos en los que incurren los estudiantes, por lo tanto, es insuficiente para garantizar la cursada de una carrera en el nivel superior enfrentándolos a barreras, principalmente económicas y lingüísticas. Además, las Instituciones de Educación Superior (IES) que acogen a los estudiantes indígenas no cuentan con mecanismos definidos para acompañar un proceso formativo que reconozca las características culturales y lingüísticas con las que llegan los jóvenes al nivel superior.