El objetivo de este estudio es identificar las áreas prioritarias para la conservación de la biodiversidad del Ecuador continental, en base a su diversidad y su estado de conservación a nivel de especies y ecosistemas y a su nivel de representación en el SNAP. El objetivo final es ofrecer lineamientos para construir un Sistema Nacional de Áreas Protegidas (SNAP) eficiente, mediante la selección de áreas críticas para la conservación de la biodiversidad en el país, donde nuevas reservas o extensiones a reservas existentes deban ser seleccionadas y establecidas en el futuro. La "eficiencia de un sistema de áreas protegidas" se refiere a la capacidad que éstas tienen para proteger todas las especies y ecosistemas existentes en una región o país.