La planificación es esencial a la hora de hablar del proceso de consolidación de la FLACSO. Los primeros esfuerzos de planificación realizados se remontan a 1996 y estuvieron signados por líneas claras y bien definidas: devolverle la institucionalidad a la Sede, aunque sin una estructura formal. Con el transcurrir del tiempo, la planificación institucional se incorporó en la organización y en el trabajo diario. La planificación estuvo orientada por la Dirección con objetivos apremiantes: sanear y estabilizar las finanzas, recuperar la imagen nacional e internacional de la Sede, reconstruir el proyecto académico y rearmar el equipo de trabajo y la infraestructura. Para ello, la materia prima con la que se contaba era una organización fundada en valores y principios.