Este ecuatoriano, a quien dentro y fuera de su Patria se lo ha calificado de ilustre, nació en Quito el 21 de febrero de 1845. Fueron sus padres el Dr. Juan Borja Lizárraga, notable por su patriotismo y carácter, y doña Leonor Pérez Pareja, que tanto se distinguió por su talento y excepcionales virtudes. En las venas del Dr. Borja corrió la sangre de los duques de Gandía, antecesores de su padre, y por su familia materna descendió de los marqueses de Casa-Fiel.