Los estudios migratorios en Ecuador se han enfocado principalmente en los flujos internacionales en detrimento de las dinámicas migratorias internas, las cuales poseen una clara incidencia en las transformaciones territoriales y en el futuro de los espacios urbanos y rurales en el Ecuador. A partir de la utilización de un enfoque de análisis territorial, este artículo propone relacionar la estructuración y dinámica de los flujos migratorios internos, tanto de entrada como de salida, con la existencia de esquemas socio productivos dinámicos, a partir del estudio de tres provincias andinas del Ecuador. El trabajo sugiere igualmente un análisis desde la prospectiva territorial para determinar los principales factores del sistema migratorio interno con capacidad de incidencia en la configuración de los futuros de los territorios rurales y agroalimentarios andinos del país.