El Programa Yasuní (PY) se desarrolló a partir de la necesidad de conservar y manejar de manera sostenible uno de los sitios más representativos del planeta y una prioridad nacional para el Gobierno del Ecuador: la Reserva de Biosfera Yasuní (RBY). El Programa se presentó ante el Fondo para el Logro de los Objetivos de Desarrollo del Milenio (F-ODM) en la ventanilla de Medio Ambiente y Cambio Climático, como una propuesta para acelerar el logro de los ODM 1 y 7: erradicar la pobreza extrema y garantizar la sostenibilidad del medio ambiente. Su diseño e implementación se realizó bajo el liderazgo del Ministerio del Ambiente, con la colaboración del Sistema de las Naciones Unidas, respetando así la Declaración de París, que estipula el apoyo global basado en las estrategias de desarrollo nacional. De esta manera, FAO, PNUD, OMT, UNESCO, ONU-HABITAT y ONU-MUJERES trabajaron de manera interagencial, apoyando así la reforma del SNU.