La presente investigación analiza la implementación de estrategias de conservación dentro de la buena gobernanza de los recursos naturales, específicamente de los hídricos, en relación con la actual institucionalidad y políticas nacionales sobre la administración del agua en el Ecuador. Para ello, se estudia específicamente la incorporación de Caudales Ambientales, dentro del diseño del Fondo de Agua de la Mancomunidad del Río Mira, en el norte del país, que evoluciona desde lo conceptual hacia su ejecución como estrategia mediante un proceso de gobernanza que busca el uso sostenible del agua en unidades territoriales que comparten una cuenca hidrográfica y que se han asociado legalmente para trascender las barreras administrativas individuales, haciendo uso de las posibilidades que la nueva institucionalidad del Ecuador les permite, a través de diferentes instrumentos jurídicos y de esta manera, han asumido competencias sobre la gestión sostenible de la cuenca hidrográfica común.