Se discuten las consecuencias, alcances y limitaciones del uso de la Metodología de Marco Lógico en el diseño y la evaluación de programas sociales destacando una aplicación ex post, incompleta y bajo la presencia de órdenes externas (disposiciones emitidas por actores ajenos al diseño y manejo del programa y que subestiman o se sobreponen a los criterios de la herramienta). Se propone una alternativa de uso de la matriz de indicadores para programas complejos, aquellos en los que intervienen varios niveles de gobierno y cuyo diseño requiere de la ejecución de componentes secuenciados lógica y temporalmente. Para ello, se analizan dos casos de estudio: el Programa Hábitat y el Plan Municipal de Desarrollo, Puebla 2008- 2011.