En el mercado ecuatoriano un alto porcentaje de la madera de las especies provenientes de los bosques tropicales es de origen ilegal. La ocurrencia de actos ilícitos a lo largo de la cadena de producción aumenta si se trata de especies valiosas, tales como la caoba (Swietenia macrophylla King) o el cedro (Cedrela odorata L.). Al respecto, uno de los datos falsificados más frecuentemente es el origen geográfico de la madera. Hasta hoy no se cuenta con un método forense científico para la determinación objetiva e independiente de la información documentaria que acompaña a la madera comercializada. El análisis de la composición de isótopos, conocido como huella isotópica, tiene un patrón geográfico definido y es factible para este propósito. Desde el Ecuador se está contribuyendo con muestras de caoba y cedro geo-eferenciadas para construir una base de datos y mejorar el método haciéndolo más funcional en programas de control y vigilancia del mercado de la madera. En este artículo se explica la problemática relacionada con el tema, el método y su uso potencial.