El Estado continúa jugando un rol clave en el desarrollo de la industria acuícola y actualmente enfrenta varios desafíos en la región, tales como: la necesidad de modernizar las instituciones fiscalizadoras con estándares medioambientales adecuados y mecanismos más eficientes de control, el mejoramiento en la forma en que opera el sistema de concesiones; de los criterios para la evaluación y aprobación de impacto ambiental; de la legislación en términos del resguardo de los derechos laborales, así como en los controles sanitarios. Todo esto hacía favorecer tanto la competitividad de la actividad industrial como su contribución al desarrollo regional.