El debate sobre el uso e investigación de organismos genéticamente modificados (transgénicos) fue reabierto a nivel nacional por el gobierno ecuatoriano en septiembre de 2012. Con base en ejemplos históricos del país, y del análisis de opiniones a favor y en contra del uso de transgénicos, en este artículo se reflexiona cómo la introducción de estos organismos perpetuará un secular modelo de apuesta por modos de producir que acentúan las inequidades e inseguridades nacionales, y generará impactos negativos, de índole tecnológica, social, económica y ambiental, en las zonas rurales. Se propone la agroecología como alternativa para un desarrollo tecnológico pertinente.